Független szellemétől vezérelve, fiatal korában már nem azonosult a bécsi udvar elvárásaival, emancipációra vágyott és szeretett utazni. Élete azonban idő előtt véget ért egy anarchista, a frusztráció és a bosszútól vezérelt munkás, Luigi Lucheni miatt.
Sissi 1898. szeptember 10-én, Genfben lehelte ki lelkét, egyik utazása során. Ma (szeptember 10-én) 125 éve, hogy meggyilkolták Erzsébet bajor császárnőt és magyar királynőt.
A 25 éves olasz Luigi Lucheni áldozatának eredetileg Henri Philippe Marie d’Orléans hercegnek kellett volna lennie. A francia trónörökös azonban rövid időn belül lemondta genfi látogatását. Lucheni azonban nem adta fel gyilkos tervét. Árvaként küszködik életével, és abban a hitben, hogy meg fogja szüntetni a társadalmi igazságtalanságot, nem habozott megölni a monarchia egyetlen tagját sem. Ezért kihasználta Sissi császárné Genfbe érkezését, aki meglátogatta Rothschild bárónőt. Mivel nem hivatalos állami látogatásról volt szó, Alžbeta Bavorská inkognitóban utazott.
Annak ellenére, hogy 1898. szeptember 5-én, azaz 5 nappal a halála előtt a genfi rendőrelnök eljött a Hotel Beau Rivage-ba, hogy figyelmeztesse őt az anarchisták támadásának veszélyére, megtagadta a rendőri védelmet. Közben felröppent genfi tartózkodásának híre, ami nem kerülte el Lucheni figyelmét.
A szálloda közelében követte Bajor Erzsébet és társa Irma Sztárayová grófnő érkezését és távozását, majd a Genfi-tó melletti sétányon várta őket. 1898. szeptember tizedik napján mindketten a kikötőbe mentek, hogy gőzhajóval térjenek vissza Caux fürdőibe, amely ma Montreux városának része.
Egy aktával megtámadta a császárnőt, és halálos sebet ejtett a szívén. Az ütés erejétől Sissi a földre esett, de azonnal felállt. Abban a meggyőződésben, hogy a támadó csak eltalálta, felszállt a hajóra, de nem sokkal később összeesett. Amikor Sztáray Irma kigombolta a császárné míderét, hogy segítsen lélegezni, észrevette a szúrt sebet, és elrendelte, hogy vigyék vissza a császárnőt a szállodába.
Míg a sebtében kihívott orvosok hiába próbálták megmenteni a császárné életét, Luigi Lucheni már a rendőrség kezében kijelentette:Megkaptam, biztos meghalt. Tetteit azzal indokolta, hogy anarchista, hozzátéve, hogy ha minden anarchistának ugyanolyan kötelességtudata lenne, mint neki, hamarosan nem lesz polgári társadalom és igazságtalanság.
Sisi halálhíre sokkolta a világot. Azonban nem ez volt az első ilyen támadás az európai uralkodók egyik koronás feje ellen. Az anarchisták a politikusokat, a bírákat és az ügyészeket is célba vették. Svájc olyan helyzetbe került, hogy a szomszédos országok sajtója liberális menekültügyi politikával vádolja, amely mindenféle szélsőségesnek menedéket rejt.
Két hónappal a merénylet után, 1898. november 10-én Luigi Lucheni megjelent a bíróságon. Az ítélet életfogytiglani börtönbüntetés volt. Két héttel később, Rómában 21 ország képviselői vettek részt az első nemzetközi konferencián a társadalom anarchistáktól való védelmére, ahol többek között megállapodtak abban, hogy különleges szervezeteket hoznak létre az anarchizmussal gyanúsított személyek megfigyelésére.
A bérgyilkos, Luigi Lucheni halálbüntetést kért saját láthatósága miatt. Kérését elutasították. Állítólag önként vetett véget életének 1910. október 19-én azzal, hogy felakasztotta magát cellájában.
Halála után az orvosok megvizsgálták Lucheni agyát. Sissi császárné bérgyilkosának alkoholba pácolt feje 2000-ig a bécsi Josephinum múzeumban volt. Ezt követően titokban a bécsi központi temetőben (Zentralfriedhof) temették el, mindössze néhány kilométerre a kapucinus kriptától, ahol Erzsébet császárné földi maradványai hevernek.
